新生儿先天性甲状腺功能低下通过规范治疗通常可以治愈。该病主要由甲状腺发育异常、激素合成障碍或母体因素引起，需通过新生儿筛查早期发现并终身随访。
先天性甲状腺功能低下患儿在出生后1-2个月内开始规范治疗，多数可获得良好预后。治疗以左甲状腺素钠替代疗法为主，常用药物包括左甲状腺素钠片、甲状腺片等。患儿需定期监测血清促甲状腺激素和游离甲状腺素水平，根据检测结果调整药物剂量。早期持续治疗可使患儿智力发育接近正常水平，体格生长基本不受影响。部分暂时性甲状腺功能低下患儿在3岁左右可能停药，但需经专业评估确认。
少数患儿因甲状腺完全缺如或严重发育不良，可能需要更长期甚至终身服药。这类情况多见于甲状腺异位、甲状腺缺如等器质性病变。即使需要终身治疗，只要维持甲状腺激素水平稳定，患儿仍可正常生长发育。治疗不及时可能导致智力低下、身材矮小等不可逆损害，故新生儿筛查确诊后应立即开始治疗。
家长需严格遵医嘱给药，定期带患儿复查甲状腺功能稳定后可每3-6个月随访一次。日常生活中注意观察患儿食欲、活动量及排便情况，避免食用影响甲状腺功能的食物如卷心菜、木薯等。若出现嗜睡、喂养困难、便秘加重等症状应及时就医调整治疗方案。