隐孢子虫病预后通常较好，免疫功能正常者多可自愈，但免疫功能低下者可能出现严重并发症。预防措施主要有避免接触污染水源、注意个人卫生、加强食品卫生管理、避免与感染者密切接触、提高免疫力等。
1、避免接触污染水源
隐孢子虫主要通过被污染的水源传播，饮用未经煮沸或过滤的生水、在受污染的湖泊或游泳池中游泳均可能感染。避免直接接触可能被动物粪便污染的水体，野外活动时建议携带瓶装水或煮沸后饮用。自来水需确保经过正规消毒，农村地区可使用滤水器或沉淀消毒处理。
2、注意个人卫生
饭前便后需用肥皂和流动水洗手至少20秒，特别是接触动物、更换尿布或处理粪便后。婴幼儿护理者需特别注意手部清洁，儿童玩耍后应及时洗手。避免用未清洁的手触摸口鼻或眼睛，感染者使用的毛巾、餐具应单独消毒处理。
3、加强食品卫生管理
生食蔬菜水果需用净水充分冲洗，避免食用可能被粪便污染的未煮熟食物如生蚝等贝类。肉类和蛋类应彻底加热至中心温度超过70摄氏度，厨房用具需生熟分开。集体供餐单位应严格执行食品留样制度，出现腹泻症状的餐饮工作者应暂停岗位。
4、避免密切接触
隐孢子虫病可通过粪口途径人际传播，照护腹泻患者时应做好防护。感染者排便后需彻底消毒马桶，婴幼儿尿布应在密闭袋中处理。艾滋病患者、器官移植术后等免疫功能低下者应避免接触腹泻人群，医疗机构需对住院患者实施接触隔离措施。
5、提高免疫力
营养不良、长期使用免疫抑制剂等人群易发生重症隐孢子虫病。保持均衡饮食摄入优质蛋白和维生素A，HIV感染者需坚持抗病毒治疗。规律作息和适度运动有助于维持免疫功能，出现持续腹泻伴消瘦时应及时检测CD4细胞计数。
隐孢子虫卵囊对常规氯消毒有较强抵抗力，游泳池需维持游离氯浓度在3mg/L以上并定期更换滤芯。农牧区应做好畜禽粪便无害化处理，腹泻患者症状消失后仍可能排虫数周，须持续做好粪便管理。前往卫生条件较差地区可考虑携带消毒片处理饮用水，免疫功能缺陷者旅行前应咨询医生预防用药建议。日常注意观察排便情况，水样腹泻持续超过3天或出现脱水症状需及时就医进行病原学检测。