H5N6禽流感病毒感染一般不能自愈，需及时就医干预。H5N6禽流感属于高致病性禽流感病毒，感染后可能出现高热、咳嗽、呼吸困难等症状，严重时可导致多器官功能衰竭。
H5N6禽流感病毒具有较强致病性，感染后病毒在体内快速复制，可能损伤呼吸道黏膜并引发全身炎症反应。早期症状与普通流感相似，但病情进展迅速，部分患者在发病3-5天内出现肺炎加重、急性呼吸窘迫综合征等并发症。未经规范抗病毒治疗的患者可能出现继发细菌感染、脓毒休克等危重情况，免疫功能低下者或合并基础疾病者预后较差。
临床对H5N6禽流感主要采用神经氨酸酶抑制剂进行抗病毒治疗，如磷酸奥司他韦胶囊、扎那米韦吸入粉雾剂等药物可抑制病毒扩散。重症患者需配合氧疗、机械通气等生命支持措施，合并细菌感染者需根据药敏试验结果使用抗生素。发病48小时内接受治疗可显著降低病死率，延迟治疗可能导致不可逆的肺损伤。
接触活禽或禽类分泌物后出现流感样症状者应立即就医排查，确诊后需隔离治疗。日常应避免接触病死禽类，处理生鲜禽肉时佩戴手套并彻底煮熟食用，禽类养殖从业人员应做好防护措施并定期健康监测。出现聚集性发热病例时需及时上报疾控部门，采取环境消杀等防控措施。