支原体和衣原体是两类不同的微生物，主要区别在于细胞结构、致病性和治疗方式。支原体缺乏细胞壁，衣原体有细胞壁但需寄生在宿主细胞内繁殖。支原体感染常见于呼吸道和泌尿生殖系统，衣原体感染多涉及泌尿生殖系统和眼部。
1、细胞结构差异
支原体属于柔膜体纲，是已知最小的能独立生存的原核生物，其特点是没有细胞壁，仅由细胞膜包裹。这种结构使其对作用于细胞壁的抗生素天然耐药。衣原体属于衣原体目，具有细胞壁但缺乏完整的能量代谢系统，必须寄生在宿主细胞内才能繁殖，其细胞壁含有肽聚糖，对部分抗生素敏感。
2、致病特点不同
支原体肺炎常见于儿童和青少年，表现为顽固性干咳、低热，可通过飞沫传播。泌尿生殖道支原体感染可能引起非淋菌性尿道炎。衣原体沙眼亚种可导致沙眼和包涵体结膜炎，肺炎衣原体与社区获得性肺炎相关，而生殖道衣原体感染是非淋菌性尿道炎和盆腔炎的常见病因。
3、检测方法区别
支原体培养需要特殊培养基且生长缓慢，临床多采用核酸检测或血清抗体检测。衣原体检测包括细胞培养、抗原检测和核酸扩增技术，其中核酸扩增技术因其高敏感性成为泌尿生殖道衣原体感染的首选诊断方法。
4、治疗药物差异
支原体感染首选大环内酯类如阿奇霉素片、克拉霉素片，或四环素类如多西环素片。衣原体感染同样可用这些药物，但对磺胺类药物敏感。治疗衣原体感染时需确保足够疗程，防止转为慢性感染。
5、预防措施侧重
预防支原体感染需注意呼吸道防护和避免密切接触，生殖道感染预防强调安全性行为。衣原体感染预防重点在于眼部卫生、安全性行为，孕妇筛查可预防新生儿结膜炎和肺炎。两类感染均需提高免疫力，避免滥用抗生素。
支原体和衣原体感染后均可能出现症状轻微或无症状的情况，容易造成漏诊。出现持续咳嗽、泌尿生殖道不适等症状时，建议及时就医进行病原学检测。日常注意个人卫生，加强锻炼，保持充足睡眠，有助于提高抵抗力。治疗期间应遵医嘱完成全程用药，避免自行停药导致耐药性产生。特殊人群如孕妇、免疫功能低下者需格外注意防护。