新生儿十二指肠梗阻手术风险程度与梗阻类型、并发症及个体差异有关，多数情况下手术风险可控，但需警惕严重并发症。
新生儿十二指肠梗阻多为先天性畸形导致，如肠旋转不良、十二指肠闭锁或环状胰腺等。手术需在全麻下进行，常见风险包括麻醉意外、术后肠粘连、吻合口瘘或感染。早产儿或低体重儿因器官发育不完善，可能增加麻醉耐受性差、术后恢复慢的风险。手术技术成熟度直接影响预后，采用腹腔镜微创手术可减少创伤，但需根据梗阻类型选择开腹或腔镜术式。术后需密切监测肠功能恢复情况，部分患儿可能出现喂养困难或短肠综合征。
少数合并严重先天性心脏病、染色体异常或复杂畸形的患儿，手术风险显著增高。肠穿孔、败血症等急症状态需紧急手术时，死亡率可能超过常规水平。长段型十二指肠闭锁或合并食管闭锁等复杂病例，可能需分期手术，增加治疗周期风险。
建议术前完善超声、造影等检查明确梗阻病因，由小儿外科团队评估手术方案。术后需规范进行肠内营养支持，家长应遵医嘱记录喂养量及排便情况，定期复查腹部体征。母乳喂养有助于肠道菌群建立，避免过度依赖静脉营养导致肝损伤。