九价HPV疫苗和四价HPV疫苗的主要区别在于预防的HPV病毒型别数量、适用年龄范围及预防效果。九价可预防9种高危型HPV（包括四价覆盖的6/11/16/18型），四价仅预防4种；九价适用9-45岁女性及男性（部分国家），四价适用20-45岁女性；九价对宫颈癌预防率超过90%，四价约70%。接种需根据年龄、性别及当地政策选择。
九价HPV疫苗覆盖的病毒型别更广泛，除16/18/6/11型外，还包含31/33/45/52/58型高危HPV，能预防约90%的宫颈癌、85%的阴道癌及90%的尖锐湿疣。四价疫苗仅针对16/18型（致癌型）和6/11型（致疣型），预防70%宫颈癌和90%尖锐湿疣。九价适用于9-45岁女性和部分国家批准的男性接种，而四价通常限于20-45岁女性。两种疫苗均需接种三剂，但九价因覆盖范围更广，成为多数地区的优先推荐。
四价疫苗的优势在于长期安全性数据更充分，且对已批准的适应症（如尖锐湿疣）效果明确。九价虽保护范围更广，但可能因新增型别的免疫原性差异，导致局部不良反应概率略高。两种疫苗均不能治疗已感染的HPV病毒，且接种后仍需定期宫颈癌筛查。选择时需结合年龄、性别、疫苗可及性及医生建议，尤其有过敏史或免疫缺陷者需谨慎评估。
接种HPV疫苗后应避免妊娠，完成全部剂次前建议采取避孕措施。日常需保持会阴清洁，避免多个性伴侣以降低感染风险。无论接种何种疫苗，30岁以上女性建议每3-5年联合宫颈TCT和HPV筛查，男性高危群体可定期进行生殖器疣检查。