肝素对已经形成的血栓有一定效果，但主要用于预防血栓扩大和新血栓形成。肝素通过抑制凝血酶和凝血因子Xa发挥抗凝作用，适用于急性血栓形成的早期干预。
肝素能够阻止血栓进一步增大，其抗凝机制可减缓纤维蛋白网的形成，避免血管完全堵塞。对于深静脉血栓、肺栓塞等急性血栓性疾病，肝素可降低血栓脱落风险，为后续溶栓或取栓治疗争取时间。临床常用低分子肝素钠注射液、肝素钠注射液等药物，需在医生监测下使用。
肝素无法直接溶解已形成的血栓核心部分，陈旧性血栓通常需要联合溶栓药物或手术取栓。对于机化血栓或存在时间较长的血栓，肝素效果有限，此时需采用尿激酶、阿替普酶等溶栓药物，或通过介入手术清除血栓。血栓形成超过72小时后，单纯抗凝治疗难以实现血管再通。
使用肝素期间需定期监测凝血功能，避免出血风险。血栓患者应保持适当活动，避免久坐或长期卧床，饮食上减少高脂高盐食物摄入。若出现肢体肿胀加重、胸痛或呼吸困难等症状，需立即就医调整治疗方案。