肝内胆管结石通常不会自愈，但部分无症状小结石可能长期稳定存在。肝内胆管结石的治疗方法主要有饮食调整、药物溶石、内镜取石、手术切除、中医调理等。
1、饮食调整
低脂高纤维饮食有助于减少胆汁淤积，每日脂肪摄入控制在40克以下，增加燕麦、西蓝花等富含膳食纤维的食物。避免动物内脏、油炸食品等高胆固醇食物，可适量饮用柠檬水促进胆汁排泄。合并胆管炎发作期需禁食油腻，以米汤、藕粉等流质为主。
2、药物溶石
熊去氧胆酸胶囊可溶解胆固醇性结石，需连续服用6-12个月。胆宁片能松弛胆道括约肌，配合消炎利胆片缓解隐痛症状。药物治疗适用于直径小于1厘米的结石，用药期间需每3个月复查超声监测结石变化。
3、内镜取石
经内镜逆行胰胆管造影术能直接取出胆总管下端结石，适用于合并黄疸或胆管炎患者。术中可能放置鼻胆管引流，术后需禁食24小时并预防性使用注射用头孢哌酮钠舒巴坦钠等抗生素。
4、手术切除
肝叶切除术适用于局限在某肝段的结石合并肝萎缩，腹腔镜手术创伤较小。胆肠吻合术可解决胆管狭窄问题，但术后可能发生反流性胆管炎。两种术式均需留置T管引流2个月以上。
5、中医调理
大柴胡汤加减方可疏肝利胆，金钱草颗粒能化石排石，配合耳穴压豆刺激胆胰反射区。中医治疗需辨证施治，肝胆湿热型适用茵陈蒿汤，肝郁脾虚型推荐逍遥散加减。
肝内胆管结石患者应保持每日2000毫升饮水量，规律进食以促进胆汁排泄。避免过度劳累及情绪波动，每半年复查腹部超声观察结石变化。若出现持续右上腹痛、寒战高热或皮肤巩膜黄染，提示可能发生急性胆管炎，须立即就医。合并肝硬化或胆管癌高危因素者，建议每3个月检测肿瘤标志物。