肠镜检查对肠道可能存在轻微损伤，但整体安全性较高。肠镜主要用于检查肠道病变，具有直观准确的优势，但也可能引起肠道黏膜擦伤、出血或穿孔等并发症。
肠镜检查过程中，内镜通过肛门进入肠道，可能对肠道黏膜造成机械性摩擦。检查前需要服用泻药清洁肠道，可能导致电解质紊乱。部分患者检查后会出现腹胀、腹痛等不适感，通常1-2天内自行缓解。检查时充入的气体可能引起短暂性肠胀气。检查过程中取活检可能造成局部出血点，但出血量通常较少。
极少数情况下可能出现严重并发症。肠道穿孔发生率较低，多见于肠道本身存在病变或操作不当。严重出血多发生在息肉切除术后。对麻醉药物过敏的患者可能出现过敏反应。基础疾病较多的老年患者风险相对较高。肠道准备不充分可能影响检查效果。
检查后建议观察2小时再进食，从流质饮食逐渐过渡到正常饮食。24小时内避免剧烈运动，注意休息。出现持续腹痛、发热或便血应及时就医。检查前应如实告知医生既往病史和用药情况。选择经验丰富的医生进行操作可降低风险。定期肠镜检查仍是早期发现肠道病变的有效手段。