刚出生的宝宝一般可以吃益生菌，但需要在医生指导下使用。益生菌有助于调节肠道菌群平衡，改善消化功能，但新生儿肠道功能尚未发育完善，使用不当可能引起不适。
新生儿在健康状态下通常无须额外补充益生菌，母乳喂养本身含有天然益生菌和益生元，能够帮助建立健康的肠道微生态。早产儿或出现腹泻、便秘、肠绞痛等消化问题时，医生可能推荐特定菌株的益生菌制剂辅助治疗。选择益生菌需注意菌株安全性，双歧杆菌、乳杆菌等是常用于婴幼儿的菌种，避免选择含添加剂或非婴幼儿专用的产品。
部分特殊情况下需谨慎使用益生菌，如免疫功能严重低下、短肠综合征或存在中心静脉导管的婴儿，可能因益生菌入血导致菌血症。极低出生体重儿使用益生菌需严格监测临床反应，出现腹胀、呕吐等不良反应时应立即停用。新生儿使用益生菌前必须由医生评估适应症，避免自行购买非处方产品。
家长需注意冲泡益生菌的水温不超过40℃，避免与抗生素同服。若宝宝服用后出现皮疹、哭闹加剧或排便异常，应及时就医调整方案。日常可通过母乳喂养、抚触按摩等方式自然促进肠道健康，减少对益生菌的依赖。