核磁共振通常能查出脑瘤，但存在少数情况可能无法检出。脑瘤的检出率与肿瘤大小、位置、类型以及设备分辨率等因素相关。
核磁共振成像利用强磁场和射频波生成脑部详细图像，对软组织对比度优于其他检查方式。多数脑瘤在T1加权像呈低信号，T2加权像呈高信号，增强扫描后部分肿瘤可见明显强化。直径超过5毫米的实质性肿瘤检出率较高，囊性或弥漫性病变也可能通过间接征象识别。检查前无需特殊准备，但体内有金属植入物者需提前告知医生。
部分低级别胶质瘤早期可能仅表现为轻微信号异常，与正常脑组织差异较小。位于颅底或脑干等特殊部位的微小肿瘤可能被骨伪影遮盖。某些垂体微腺瘤需依赖动态增强扫描才能发现。患者检查时移动可能造成图像模糊，影响判断。极少数情况下，肿瘤与周围组织信号相似可能导致漏诊。
若临床高度怀疑脑瘤但核磁共振未发现异常，可结合CT、PET-CT或腰椎穿刺等进一步检查。出现持续头痛、视力变化或肢体无力等症状时应及时复查。医生会根据症状演变调整检查方案，必要时进行多学科会诊。