九价HPV疫苗和四价HPV疫苗的主要区别在于预防的病毒亚型数量、适用年龄范围及预防效果。九价可预防9种HPV亚型，四价预防4种，九价覆盖范围更广且适用年龄更宽泛。
九价HPV疫苗能预防HPV6、11、16、18、31、33、45、52、58九种亚型，覆盖约90%的宫颈癌及相关病变风险，同时可预防尖锐湿疣。四价疫苗仅覆盖HPV6、11、16、18四种亚型，预防约70%的宫颈癌和90%的尖锐湿疣。九价疫苗的适用年龄通常为9-45岁女性，部分国家扩展至男性；四价疫苗适用于20-45岁女性，男性适应症较少。两种疫苗均需接种三剂，但九价对高危型HPV的防护效果更全面。
四价疫苗的优势在于长期安全性数据更充分，且价格通常低于九价。九价疫苗可能出现局部疼痛、发热等不良反应的概率略高，但整体安全性仍受认可。四价疫苗对已覆盖的四种亚型防护效果与九价相当，若仅考虑基础防护且预算有限，四价仍是合理选择。
接种前需咨询医生评估个体情况，妊娠期女性应暂缓接种。无论选择哪种疫苗，定期宫颈癌筛查仍不可替代。完成全程接种后，保持健康生活方式有助于增强免疫效果。