衣原体阴性通常不能完全排除淋巴肉芽肿。淋巴肉芽肿可能由沙眼衣原体L1-L3血清型引起，但常规衣原体检测可能无法覆盖所有血清型或存在假阴性结果。
常规衣原体检测主要针对泌尿生殖道常见的D-K血清型，而淋巴肉芽肿的病原体L1-L3血清型需要特异性核酸检测或血清学检查才能确诊。若患者有高危性行为史或典型临床表现如腹股沟淋巴结肿大、溃疡等，即使衣原体常规检测阴性，仍需通过淋巴肉芽肿特异性检测进一步排查。部分患者可能在感染早期或采样不规范时出现假阴性结果。
极少数情况下，其他病原体如梅毒螺旋体、单纯疱疹病毒等也可能引起类似淋巴肉芽肿的临床表现，需通过多重PCR或病理活检鉴别。免疫功能低下患者可能出现非典型血清学反应，导致检测结果与临床症状不符。
建议有流行病学史或疑似症状者尽早就医，通过淋巴结穿刺液培养、基因扩增试验等精准检测明确诊断。日常应避免无保护性行为，出现生殖器溃疡或淋巴结肿大时及时进行专科评估，避免延误治疗导致慢性淋巴管炎或直肠狭窄等并发症。