单纯性肾囊肿通常无明显临床症状，多数患者仅在体检时偶然发现。部分患者可能出现腰部钝痛、血尿、腹部肿块或继发感染引起的发热等症状。
1、腰部钝痛
囊肿体积增大可能压迫肾包膜或周围组织，表现为单侧腰部持续性钝痛，活动后可能加重。疼痛程度与囊肿大小和位置相关，直径超过5厘米的囊肿更易引发不适。若突发剧烈疼痛需警惕囊肿破裂或出血，应及时就医进行超声或CT检查。
2、镜下血尿
囊肿壁血管破裂可能导致尿液红细胞增多，多为间歇性无痛性血尿。通过尿常规检查可发现潜血阳性，但肉眼可见血尿较为少见。合并血尿时应排除肾结石、肿瘤等其他泌尿系统疾病。
3、腹部肿块
巨大肾囊肿可在腹部触诊时扪及光滑包块，多见于体型消瘦者。肿块通常无压痛，随呼吸移动，需与肾肿瘤鉴别。超声检查可明确肿块性质，典型表现为圆形无回声区伴后方回声增强。
4、继发感染
囊肿合并感染时可能出现发热、寒战等全身症状，伴腰部叩击痛。常见致病菌为大肠埃希菌，可通过血常规显示白细胞升高，尿培养检出病原菌确诊。需使用抗生素治疗，如左氧氟沙星片、头孢克肟分散片等。
5、高血压
极少数情况下，囊肿压迫肾实质可能导致肾素-血管紧张素系统激活，引发继发性高血压。血压升高多呈持续性，常规降压药物效果有限。解除囊肿压迫后血压可逐渐恢复正常。
单纯性肾囊肿患者应每年进行超声随访，观察囊肿变化。避免剧烈运动或腹部外伤以防囊肿破裂，保持每日饮水量2000毫升以上有助于预防尿路感染。若出现持续腰痛、血尿或发热等症状，需及时至泌尿外科就诊，必要时行穿刺抽液或腹腔镜手术。