高烧39℃持续三天通常不会直接造成智力下降，但可能因脑细胞代谢异常或潜在感染导致暂时性认知功能减退。高热对大脑的影响主要取决于基础病因与是否及时干预。
儿童或成人持续高热时，脑细胞可能因代谢紊乱出现注意力不集中、反应迟钝等可逆性症状，常见于流感、肺炎链球菌感染等疾病。及时退热并治疗原发病后，这些表现多随体温恢复逐渐消失。部分病毒性脑炎早期也可能表现为持续高热，但会伴随剧烈头痛、呕吐或意识障碍等典型症状，需通过腰穿等检查确诊。
极少数情况下，超高热超过41℃且未及时处理可能引发热性惊厥或脑水肿，婴幼儿更易出现神经系统后遗症。长期反复高热合并严重脱水或电解质失衡时，可能对发育期儿童的学习记忆能力产生潜在影响。这类情况多与遗传代谢病、化脓性脑膜炎等重症相关，需通过脑电图、核磁共振等评估脑损伤程度。
建议高热患者保持每日2000毫升以上饮水量，采用温水擦浴等物理降温，避免捂汗加重脱水。体温超过38.5℃可遵医嘱使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚片等退热药物，同时完善血常规、C反应蛋白等检查明确感染源。出现嗜睡、颈强直等症状需立即急诊处理，通过腰椎穿刺排除中枢神经系统感染。