褪黑素一般不会导致内分泌紊乱，但长期过量服用可能干扰自身褪黑素分泌节律。褪黑素是人体自然分泌的激素，短期合理补充通常安全，但不当使用可能影响下丘脑-垂体-性腺轴功能。
褪黑素作为外源性补充剂，短期小剂量使用对多数人内分泌系统无明显影响。临床推荐剂量为0.5-5毫克/日，该范围内可帮助调节睡眠节律而不显著抑制内源性分泌。人体松果体分泌的褪黑素具有昼夜节律性，适量外源补充对促性腺激素、甲状腺激素等分泌的干扰较小。研究显示3个月内的规律使用对健康成年人黄体生成素、卵泡刺激素水平无显著改变。
持续超量服用可能引发反馈抑制效应。每日超过10毫克且连续使用3个月以上时，可能通过负反馈机制降低松果体敏感性。部分敏感人群可能出现促甲状腺激素水平波动、月经周期紊乱等现象。特殊人群如青少年、孕妇及多囊卵巢综合征患者更易出现激素水平异常，表现为痤疮加重、排卵障碍或情绪波动。这种影响通常在停用后1-2个月月经周期内逐渐恢复。
使用褪黑素期间应避免同时服用糖皮质激素或避孕药物，这些药物可能放大对内分泌轴的干扰效应。建议每年累计使用不超过3个月，服药期间定期监测晨起基础体温和月经周期变化。出现持续失眠者需排查焦虑症、甲状腺功能异常等潜在病因，而非单纯依赖褪黑素补充。保持规律作息和充足光照暴露，有助于维持自身褪黑素分泌功能。