强直性脊柱炎最终可能发展为脊柱强直、关节融合及多系统损害，但个体差异显著。疾病进展主要与炎症控制程度、遗传因素和早期干预效果相关。
强直性脊柱炎早期以骶髂关节和脊柱炎症为主，表现为下腰痛、晨僵。若未规范治疗，炎症持续可导致韧带骨赘形成，脊柱逐渐失去柔韧性，出现驼背畸形。部分患者可能出现颈椎活动受限，影响日常俯仰动作。中晚期椎体间形成骨桥，脊柱呈竹节样改变，胸廓扩张度下降可能影响呼吸功能。髋关节受累时可能引发关节间隙狭窄甚至骨性强直，需依赖关节置换手术恢复活动能力。
约三成患者伴随关节外表现，如急性前葡萄膜炎导致视力下降，心血管系统受累可能引发主动脉瓣关闭不全。少数患者出现肺尖纤维化或继发性淀粉样变。疾病晚期可能因脊柱骨质疏松增加骨折风险，严重驼背畸形可能压迫脊髓神经。肠道炎症和银屑病样皮疹等共病状态会进一步加重整体健康负担。
建议患者定期监测炎症指标和影像学变化，坚持抗炎治疗和生物制剂规范使用。日常保持游泳、扩胸等适度运动延缓关节僵硬，睡眠时选择硬板床维持脊柱生理曲度。出现视力模糊、胸闷气促等关节外症状时需及时跨科室联合诊疗，通过多学科协作最大限度保护脏器功能。