全腹部增强CT检查可能带来辐射暴露、造影剂过敏反应、肾功能损伤等风险，但临床操作中会严格评估适应症并采取防护措施。
全腹部增强CT使用的电离辐射剂量高于普通X线检查，单次检查辐射量在10-30毫西弗之间，相当于自然环境下3-10年的本底辐射量。辐射可能对造血系统、甲状腺等敏感组织造成潜在影响，儿童、孕妇等特殊人群需谨慎评估。医疗机构会遵循ALARA原则优化扫描参数，采用铅防护器具降低非检查区域受照剂量。
含碘造影剂可能引发过敏样反应，轻者出现皮肤潮红、恶心呕吐，重者可发生喉头水肿或过敏性休克。有海鲜过敏史、哮喘病史者发生概率增高。检查前需详细询问过敏史，高危人群可预先使用抗组胺药物。造影剂还通过肾小球滤过排泄，可能诱发造影剂肾病，原有肾功能不全、糖尿病肾病患者风险显著增加，这类人群需提前水化治疗并监测肌酐值。
检查过程中需保持体位静止，可能产生压迫不适感，幽闭恐惧症患者可能出现焦虑症状。极少数情况下穿刺部位可能出现血肿、感染等并发症。检查后建议多饮水加速造影剂排泄，观察24小时有无皮疹、呼吸困难等迟发反应。医疗机构会严格掌握适应症，权衡诊断价值与潜在风险，对必要检查采取规范化防护措施。