心肌炎能否根治需根据病因和病情严重程度判断，部分轻症患者可完全康复，但重症或慢性心肌损害者可能遗留长期并发症。
病毒性心肌炎早期经规范治疗多数可痊愈。急性期通过卧床休息、限制活动减少心脏负荷，配合抗病毒药物如阿昔洛韦片、更昔洛韦分散片抑制病原体复制，同时使用辅酶Q10胶囊、维生素C片等营养心肌。炎症消退后心功能逐渐恢复，超声检查无异常且无心律失常等后遗症时，可视为临床治愈。部分患者发病1-3个月后心电图ST段改变完全消失，心肌酶谱恢复正常，日常活动无不适。
细菌感染、自身免疫性疾病或中毒等因素导致的心肌炎可能遗留不可逆损伤。柯萨奇B组病毒引发的暴发性心肌炎若未及时干预，心肌细胞广泛坏死会发展为扩张型心肌病，需长期服用美托洛尔缓释片、螺内酯片控制心力衰竭。慢性活动性心肌炎反复发作后纤维组织增生，即使使用免疫抑制剂如泼尼松龙片也难以逆转心肌重构，此类患者需定期监测心功能，避免剧烈运动诱发猝死。
心肌炎患者康复期应保持低盐低脂饮食，每日钠盐摄入不超过5克，避免腌制食品。可进行散步、太极拳等低强度有氧运动，心率控制在最大预测值的60%以下。戒烟限酒，保证充足睡眠，冬季注意防寒预防呼吸道感染。若出现胸闷气短加重或下肢水肿，需立即复查心肌酶谱和心脏超声。