肛门囊肿不一定必须手术，多数情况下可通过药物治疗或保守治疗缓解症状，少数情况需手术干预。肛门囊肿通常由肛腺阻塞、感染等因素引起，具体处理方式需根据囊肿大小、感染程度及症状严重程度综合评估。
体积较小且无明显感染的肛门囊肿通常无须手术。早期可遵医嘱使用抗生素如头孢克肟胶囊、阿莫西林克拉维酸钾片控制感染，配合高锰酸钾溶液坐浴促进炎症消退。囊肿未破溃时可采用红外线照射等物理疗法减轻肿胀疼痛。日常需保持肛周清洁干燥，避免久坐久站，饮食上增加膳食纤维摄入预防便秘。多数患者经规范保守治疗1-2周后症状可明显改善。
当囊肿直径超过3厘米、形成肛周脓肿或反复发作时，通常需手术切开引流或根治性切除。合并糖尿病等基础疾病者感染难以控制，或出现发热、剧烈跳痛等全身症状时也应考虑手术。术式包括单纯脓肿引流术、肛瘘切开术等，术后需定期换药并配合头孢地尼分散片等药物预防感染。若未及时处理可能导致感染扩散甚至败血症。
肛门囊肿患者无论是否手术，均需避免辛辣刺激饮食，每日用温水清洗肛周2-3次。出现排便困难、肛周持续红肿热痛或分泌物增多时，应及时至肛肠科就诊。术后患者应遵医嘱进行提肛运动促进恢复，3个月内避免骑自行车等压迫创面的活动。