艾灸后嗓子疼可能与局部刺激、体质敏感或操作不当有关，少数情况下可能提示上呼吸道感染或过敏反应。艾灸通过温热刺激穴位发挥作用，但部分人群可能出现短暂不适。
艾灸产生的烟雾可能刺激咽喉黏膜，尤其密闭空间内烟雾浓度较高时，可能引发干痒、灼热感。体质偏热或阴虚火旺者接受艾灸后，可能因温热之性加重体内火气，表现为咽干、疼痛。操作时艾条距离皮肤过近或单穴灸治时间过长，可能使热力上行至咽喉区域。部分人群对艾叶挥发油过敏，接触烟雾后可能出现咽喉水肿、刺痛的过敏反应。
持续超过24小时的咽痛伴随发热、咳嗽时，需考虑艾灸时受凉诱发上呼吸道感染。既往有慢性咽炎病史者，艾灸可能刺激炎症部位加重症状。艾灸后立即饮用冷饮或处于空调环境，冷热交替易导致咽喉部毛细血管收缩异常。少数对艾绒燃烧产物敏感者可能出现喉头黏膜充血，甚至呼吸困难等严重过敏表现。
建议艾灸后适量饮用温水，保持环境通风但避免直吹冷气。出现持续咽痛可含服金银花含片缓解，若伴随皮疹或呼吸不畅需立即就医。阴虚体质者艾灸前可咨询中医师，选择滋阴穴位配伍。日常避免空腹艾灸，灸后两小时内忌食辛辣刺激食物。