引起食管异位组织的原因是多方面的，其中最主要的原因是食管黏膜受到长期损伤和刺激。食管异位组织，也被称为Barrett食管，是食道黏膜上皮发生异常变化的疾病。这种病变与食道内胆汁和胃酸的反流有关，而导致黏膜上皮发生异位组织的形成。长时间的胃食管反流和食管黏膜遭受烟草、酒精、咖啡因等刺激物质的长期作用，也会增加患者患上食管异位组织的风险。
食道鳞状上皮是食道正常的黏膜上皮类型，它不耐受酸性环境和胆卤反流，而胃肠化生上皮是明显耐酸性和不受胆汁伤害的成人上皮类型。由于酸性反流或胆汁反流导致食道鳞状上皮受到持续损伤和刺激，机体为了保护食道黏膜，从正常胃肠道上皮上方，胃食管结合部的下端上纵隔部位出现食道柱状上皮，即所谓的食管异位组织。食管异位组织具有胃肠道上皮特点，它具备胃肠上皮耐酸性和屏障功能，从而能够更好地抵抗氧化、酸性和胆汁损伤。
除了酸性反流和胆汁倒流外，生活习惯也与食管异位组织的发生密切相关。吸烟、饮酒和摄入咖啡因等刺激物质，会削弱食道黏膜的保护机制，增加胃酸反流和胆汁反流的几率。另外，肥胖也被认为是食管异位组织的危险因素，因为肥胖会导致胃内压力增加，进而增加胃食道反流的风险。食管异位组织的形成涉及众多机制和因素，各种致病因素的综合影响最终导致了黏膜上皮的改变和异位组织的形成。因此，健康的生活方式和合理的饮食习惯可以起到积极的预防作用，减少食管异位组织的发生。
