引起先天性巨结肠的原因是胚胎期结肠发育障碍。先天性巨结肠是一种胚胎期结肠发育不良的先天性畸形，常见于小儿，其主要特征是结肠明显的扩张。这种疾病的确切原因尚不完全清楚，但可以归纳为以下几个方面。
遗传因素是引起先天性巨结肠的一个重要原因。研究表明，存在家族遗传倾向，具有家族中有关大肠畸形的成员的个体患病的风险较大。遗传物质的突变或缺陷可能导致结肠发育受到抑制或异常，从而引起先天性巨结肠。
另外，胚胎期内环境因素也可能对结肠发育产生不利影响，进而导致先天性巨结肠的发生。外界环境因素，如孕妇在怀孕期间接触有害物质或受到不良生活习惯的影响，都有可能对胚胎的正常结肠发育产生干扰。例如，母体酒精、吸烟、药物滥用等均与先天畸形的发生有密切关系，其中包括先天性巨结肠。
引起先天性巨结肠的原因是多方面的，包括遗传因素和胚胎期内环境因素。尽管目前尚未找到引起先天性巨结肠的确切基因变异，但对于孕妇来说，保持良好的生活习惯和避免接触有害物质是预防先天性巨结肠的重要措施。同时，建立早期的筛查和诊断系统，尽早发现和干预，对于儿童的健康和生活质量都将起到积极的促进作用。
