隐球菌感染的治疗，除了一般的治疗注重护理之外，也会使用到一些抗菌药物治疗，如氟康唑，两性霉素，这些药物可以起到杀菌的效果，是治疗阴性球菌感染的常见药。
1.一般治疗
积极治疗原发病，去除病因。
严格掌握抗生素、糖皮质激素和免疫抑制剂的用药指征。
加强护理和支持疗法。
2.抗真菌治疗
可选用氟康唑、伊曲康唑、氟胞嘧啶、两性霉素B及其脂质体等。对于严重患者，予静脉应用两性霉素B后口服氟康唑的标准治疗方法。在无艾滋病的轻症患者，氟康唑口服，连用8～10周可能有效。在其他抗真菌药效果不佳时，伏立康唑有一定的治疗效果。卡泊芬净对本病作用有限。对皮肤黏膜隐球菌病出全身用药外，还应辅以局部处理。
两性霉素B两性霉素B为多烯类抗生素，与真菌胞膜上的固醇类结合，改变膜的通透性，使菌体破坏，起杀菌作用。是目前治疗隐球菌病、组织胞浆菌病和全身念珠菌病的首选药物，对曲霉素菌病效果较差。
1)给药途径①静脉滴注开始宜用小量，如无不良反应，渐增剂量，疗程1～3个月。静注时用5％葡萄糖液稀释，浓度不超过0.05～0.1mg/ml，缓慢静脉滴注，每剂不少于6小时滴完。浓度过高易引起静脉炎，滴速过快可发生抽搐，心律失常、血压骤降，甚至心跳停搏。②椎管内注射或脑室内注射限于治疗隐球菌性膜的病情严重或静脉滴注失败的病例。如有副作用可减量或暂停用药，脑脊液内药物过多可引起蛛网膜炎而脑脊液细胞增多，暂时性神经根炎、感觉消失、尿潴留、甚至瘫痪、抽搐，如及早停用，大多能缓解。
2)副作用恶心、呕吐、腹痛、发热、寒战、头痛、头晕、贫血、血小板减少，血栓性静脉炎等，对肾、造血系统有一定毒性。为减轻副作用，可于治疗前半小时及治疗后3小时给阿司匹林，严重者可用静脉滴注氢化可地松或地塞米松。用药期间，应每隔3～7天检查血、尿常规及肝、肾功能，血清肌酐＞2.5mg/dl时用药应减量，尿素氮＞40mg/dl应停药，停药2～5周恢复正常，再从小剂量开始给药，注射部位易发生血栓性静脉炎，最初输液部位宜先从四肢远端小静脉开始。
