学习障碍的成因是多方面的，但是现在的研究证明主要包含以下的几个方面:

1.中枢神经系统病变

基因遗传在过去双胞胎或家族系谱的研究发现学习障碍有基因遗传的因素，史利尔在556位具神经生理异常的学习障碍儿童发现有家庭遗传的因素，这种家族性的遗传被认为是由于一个或一组基因的异常所造成的。除此之外，性染色体的异常也被发现和学习障碍有关。研究学者发现，第23对性染色体异常的模式为的儿童会出现视动协调不好，在卫士儿童致力测验的作业量表智商上有较低的现象，且易有书写问题。第23对性染色体的模式为的儿童则发现在多项认知能力上有普遍低下的现象，但不致造成智能不足。而第23对性染色体的模式为的儿童则发现语文量表智商低，且阅读能力发展迟缓。

阶段发展的变异造成脑伤或脑功能受损在个体阶段可分为产前、产时和产后，产前常见的原因除上述遗传性因素造成先天异常或染色体的因素外，营养不良、疾病、服用药物不当、或Rh血型不兼容等，都是产前可能造成学习障碍的因素。脑出血或脑缺氧是造成生产时脑损伤的主要原因，大脑皮直的神经细胞最无法承受缺氧的损伤，大脑皮质只要缺氧超过五分钟，细胞就会出现永远无法复原的伤害，且中枢神经系统缺氧的时间长短和脑部受伤的程度有直接的相关。在产后个体疾病也可能造成脑部受伤，如感染性的脑病变、脑血管疾病、脑肿瘤或癫痫等。外力受伤如车祸、意外伤害、战争等，也可能造成脑伤或脑功能失调的现象。

大脑皮质的功能失调大脑皮质的丞失调，是解释学习障碍原因时最常被引用的，也将可能是对特殊教育最具意义的说法。因为他可以协助我们发现学习障碍学生的障碍和优势，以发展适当的教学策略和材料。目前以大脑皮质功能失调说明学习障障的原因者，主要有三种:大脑脑病变、大脑功能偏侧化和前庭功能失调。

2.生化系统不平衡

有些学者认为体内生化系统的不平衡也可能是造成学习障碍的原因之一这种未知的生化系统不平衡对人体大脑的影响就像苯酮尿酸症，因为体内缺乏某种酵素，导致无法转换体内的胺基酸而累积成为毒素，以致伤害脑部的发展。这种未知的生化系统不平衡，可以从某些药物可以减低学习障碍的结果获得支持。

3.环境

早期发展时经验的剥夺早期发展时经验的剥夺是指在婴幼儿时期被不当的限制行动，例如父母保护过度或家庭环境限制，而剥夺幼儿应有的感官探索和动作发展，如视听觉的刺激或爬行等，国内幼教学者简淑真表示国内都市家庭由于环境的限制，造成小孩在动作发展阶段未能充分发展，导致大量儿童被认为是感觉统合失调。另外，应幼儿长期的疾病也可能剥夺了儿童发展应有的学习经验。与父母的关系不当，如长期的分离或与大人的互动机会过少，也可能造成学习障碍。

4.行为问题美尔斯等举出下列行为特质也可能和学习障碍有关，不寻常的爱哭、睡眠习惯不佳、饮食不规律、过度精力充沛或昏睡等行为，这些行为和1960年代汤姆斯所提的气质论中的的气质相类似。

5.营养不良早期发展阶段的营养不良会造成应幼儿的发展迟缓，尤其是对脑部的影响，综合有关贫乏和营样不良对儿童发展影响的研究，结果发现虽然营养不良不一定会造成学习障碍，但是在早期发展时，严重的营养不良会影响中枢神经系统的发展，因此这和学习障碍也有间接的关系。

5.文化和语言上的差异文化和语言上的差异会增加儿童学习时的困难和挫折。而在美国，文化和语言上的差异往往和低社经地位有密切相关。美国学者柯菲尔认为文化经济不利的环境造成儿童脑功能损伤的机会大，为经济不利环境下，儿童疾病未的适当照顾、营养不良或父母工作无法提供适当养育等的比率较一般儿童为高，因此文化经济不利因素的环境和学习障碍也有间接的关系。

6.教育机会的缺乏儿童因家庭迁移的次数过多、长期病弱或父母过度忽视教育的重要性，可能造成儿童的学习机会较同侪为低。教师的教学不当也会造成儿童排斥学习，这些长期的学习机会剥夺也会造成儿童的学习困难。美国很多学障学者发现目前接受特殊教育的学习障碍者可能未必有知觉上的困难，可能只是不当的教学所致。