生神曲和炒神曲均具有健脾消食的功效，但生神曲偏重解表退热，炒神曲更擅和中止泻。两者主要功效有促进消化、调节胃肠功能、缓解外感症状、改善脾虚泄泻、辅助治疗食积腹胀等。
1、促进消化
生神曲含有淀粉酶、蛋白酶等活性成分，能分解食物中的淀粉和蛋白质。炒神曲经过炒制后酶活性降低，但产生焦香物质可刺激胃液分泌。两者均适用于米面类食物积滞，常与山楂、麦芽配伍使用。
2、调节胃肠功能
生神曲对胃肠平滑肌有双向调节作用，既能缓解肠痉挛又可增强蠕动。炒神曲炭化后吸附力增强，更适用于胃肠功能紊乱伴腹泻的情况。脾虚型消化不良患者宜选用炒制品。
3、缓解外感症状
生神曲保留解表功效，对食积伴发热、头痛等外感症状效果显著。其发汗作用与荆芥、防风相似，但不适用于阴虚发热。炒制后该功效减弱，故风寒夹积证应选用生品。
4、改善脾虚泄泻
炒神曲炭的收敛止泻作用突出，能吸附肠道毒素并形成保护膜。常与白术、茯苓配伍治疗慢性腹泻，对小儿轮状病毒性肠炎有辅助疗效。生品因可能加重腹泻，此时禁用。
5、辅助治疗食积腹胀
两者均含挥发油成分可促进肠排气，炒神曲配伍木香、砂仁时消胀效果更持久。对功能性消化不良引起的早饱、嗳气，需持续服用3-5天方能显效。孕妇慎用生品以防动胎。
使用神曲期间应忌食生冷油腻，脾胃虚寒者可用姜汤送服以增强药效。儿童用量需减半，建议将神曲研末加入粥中食用。急性胃肠炎发作期不宜单独使用，若服药3日症状未缓解或出现便秘、皮疹等不良反应应立即停用。日常可配伍山药、莲子等健脾食材制作药膳，但不宜与抗生素同服，两者间隔至少2小时。