黄芩具有清热燥湿、泻火解毒、止血安胎等功效，主要用于湿热痞满、黄疸泻痢、肺热咳嗽、高热烦渴、血热吐衄、胎动不安等症状。
1、清热燥湿
黄芩性寒味苦，归肺、胆、脾、大肠经，能清除湿热邪气。对湿热引起的胸闷恶心、黄疸尿赤、泻痢腹痛有显著效果，常与黄连、栀子等配伍使用。现代研究显示其有效成分黄芩苷可抑制多种致病菌生长。
2、泻火解毒
黄芩能清泄肺胃实火，适用于高热烦渴、咽喉肿痛及疮疡肿毒。对肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌等病原微生物有抑制作用，临床常用黄芩片配合连花清瘟胶囊治疗上呼吸道感染。
3、凉血止血
通过降低毛细血管通透性，黄芩可改善血热妄行导致的吐血、衄血、便血等症状。黄芩炭的止血效果更佳，常与白茅根、侧柏叶等同用治疗支气管扩张咯血。
4、安胎
所含黄芩素能抑制子宫平滑肌收缩，对胎动不安、先兆流产有一定保胎作用。需在医生指导下配伍白术、砂仁等药物，避免单独长期使用。
5、抗过敏
黄芩提取物可抑制组胺释放，减轻过敏性鼻炎、湿疹等变态反应症状。黄芩苷软膏常用于皮炎湿疹的外用治疗。
使用黄芩时需注意脾胃虚寒者慎用，长期服用可能引起食欲减退；煎煮时间不宜超过30分钟以免有效成分破坏；孕妇使用应严格遵医嘱。日常可配伍薏苡仁、茯苓等健脾药物减轻寒凉之性，避免与辛辣刺激食物同服。出现腹泻、头晕等不良反应时应立即停药就医。