秋季腹泻具有传染性，主要通过粪口途径传播。秋季腹泻多由轮状病毒、诺如病毒等病原体引起，常见于婴幼儿及免疫力低下人群。
轮状病毒是秋季腹泻的主要病原体，病毒通过感染者粪便排出后污染食物、水源或物体表面，健康人群接触后未彻底清洁双手即进食可能导致感染。病毒在低温环境下存活时间较长，秋季气温下降更易造成传播。诺如病毒同样通过类似途径传播，感染者呕吐物形成的飞沫也可能导致空气传播，在幼儿园、养老院等集体场所易引发聚集性疫情。
免疫功能正常的成年人感染后可能仅表现为轻微症状或无症状携带，但仍具有传染性。早产儿、未接种轮状病毒疫苗的婴幼儿、艾滋病患者或接受免疫抑制剂治疗的人群感染后症状较重，可能出现持续水样便、电解质紊乱等并发症。部分腺病毒、星状病毒等病原体也可在秋季引发传染性腹泻，但传播力相对较弱。
预防秋季腹泻需注重个人卫生管理，照顾婴幼儿的家长或护理人员接触排泄物后需用肥皂水洗手至少20秒，被污染的衣物应煮沸消毒。集体机构发生疫情时需对门把手、玩具等高频接触物品使用含氯消毒剂擦拭，患者应隔离至症状消失后72小时。普通人群可通过接种轮状病毒疫苗降低感染风险，日常饮食避免生冷食物，饮用水需煮沸，出现持续呕吐或血便等症状应及时就医进行病原学检测与对症治疗。