牙周炎晚期通过规范治疗仍可控制病情发展，但已造成的牙槽骨吸收不可逆。晚期治疗需采用牙周翻瓣术、引导性组织再生术等手术联合药物治疗，并配合长期维护。
牙周炎晚期主要表现为牙周袋深度超过6毫米、牙齿松动度达III度、牙槽骨吸收超过根长1/2。此时需通过牙周基础治疗清除菌斑结石后，实施牙周翻瓣术暴露根面进行彻底清创，必要时联合骨移植材料或屏障膜进行引导性组织再生术。药物治疗可选用盐酸米诺环素软膏局部缓释给药，或口服甲硝唑片联合阿莫西林胶囊控制厌氧菌感染。
若伴有严重牙齿松动无法保留，需拔牙后行种植修复或活动义齿修复。全身因素如糖尿病未控制会显著影响疗效，需同步调控血糖。吸烟者必须戒烟以改善局部微循环。治疗后每3个月需复查牙周探诊深度，终身坚持专业维护和家庭菌斑控制。
晚期牙周炎患者需使用超软毛牙刷及牙间隙刷清洁，配合含0.12%氯己定的漱口水抑制菌斑。饮食避免过硬过黏食物加重牙齿负担，增加维生素C和钙质摄入。建议每3个月进行专业牙周维护治疗，定期拍摄牙片监测骨量变化。出现牙龈肿痛或牙齿松动加重应及时复诊调整治疗方案。