前列腺增生术后可能出现短期或长期后遗症，常见有尿失禁、尿道狭窄、逆行射精等，多数症状可随时间缓解或通过干预改善。
术后短期内可能出现排尿困难或尿频尿急，与手术创面水肿或导尿管刺激有关，通常1-2周逐渐恢复。部分患者因尿道括约肌暂时性损伤出现压力性尿失禁，通过盆底肌训练多能在3-6个月内改善。术中电切综合征是罕见但严重的并发症，表现为稀释性低钠血症，需立即医疗干预。
长期后遗症中，尿道狭窄多因瘢痕增生导致，需定期尿道扩张治疗。膀胱颈挛缩可能引起反复排尿困难，必要时需二次手术。逆行射精因手术影响精阜结构导致，对生育有需求者需提前咨询医生。极少数患者可能发生性功能障碍，与心理因素和神经损伤均相关。
术后应保持会阴清洁，每日饮水1500-2000毫升避免尿液浓缩，初期避免骑车或久坐压迫前列腺窝，3个月内禁止提重物和剧烈运动。定期复查尿流率及残余尿测定，若出现发热、血尿加重或排尿疼痛需及时就诊。饮食注意补充锌元素和维生素E，适量食用南瓜籽、西红柿等有益前列腺健康的食物。