前列腺增生微创手术可能存在后遗症，但多数患者术后恢复良好。常见后遗症包括尿失禁、尿道狭窄、逆行射精等，通常可通过康复训练或二次干预改善。
尿失禁是术后较常见的短期后遗症，多因手术对尿道括约肌的暂时性影响导致。轻度尿失禁患者通过盆底肌训练可在3-6个月内恢复，重度者可能需要人工括约肌植入术。尿道狭窄常发生于术后1-3个月，表现为排尿困难，需通过尿道扩张或内镜下切开治疗。逆行射精因手术破坏膀胱颈结构导致精液反流，虽不影响健康但可能造成生育障碍，必要时可采用辅助生殖技术。
少数患者可能出现勃起功能障碍，与手术损伤神经血管束相关，可通过药物或物理疗法改善。感染性并发症如附睾炎或前列腺窝感染，多见于术后1周内，需及时抗感染治疗。极少数情况下会发生膀胱穿孔或直肠损伤，需术中立即修补。长期随访数据显示，术后5年复发率不足5%，二次手术概率更低。
术后应保持会阴清洁，每日饮水1500-2000毫升避免尿液浓缩，术后1个月内禁止骑自行车或久坐。饮食宜清淡，限制辛辣刺激食物摄入。定期复查尿流率及残余尿测定，发现排尿异常及时就诊。康复期间可进行凯格尔运动增强盆底肌力量，但需避免剧烈运动导致创面出血。夜间排尿次数增多属正常现象，通常3个月后逐渐缓解。