怀孕45天进行药物流产通常可以流干净，但存在少数情况下可能流产不全。药物流产适用于妊娠49天内的早期妊娠，怀孕45天时孕囊较小，药物流产成功率较高。
药物流产通过米非司酮片和米索前列醇片联合使用，米非司酮片能够拮抗孕激素，使胚胎停止发育，米索前列醇片则促进子宫收缩，帮助排出胚胎组织。怀孕45天时子宫对药物敏感性较好，孕囊与子宫壁附着尚不牢固，药物作用后多数能够完全排出妊娠组织，出血时间一般在7-14天，与月经量相似或略多。
少数情况下可能出现流产不全，如孕囊位置异常、子宫畸形、药物吸收不良或个体对药物敏感性差等因素可能导致妊娠组织残留。残留组织可能引起持续阴道出血、腹痛或感染症状，需要通过超声检查确认宫腔内情况，必要时行清宫手术。
药物流产后应注意休息，避免剧烈运动和重体力劳动，保持会阴清洁，勤换卫生巾，2周内禁止盆浴和性生活。观察阴道出血情况，如出血超过14天、出血量突然增多或出现发热、腹痛加重等症状应及时就医。饮食上多摄入富含优质蛋白和铁的食物如瘦肉、动物肝脏、菠菜等，帮助身体恢复，避免生冷辛辣刺激性食物。遵医嘱按时复查超声，确认流产效果，如有残留需及时处理。