肛肠镜检查通常不会产生剧烈疼痛，但可能伴随轻微不适感。检查过程中可能出现的感受主要有肛门胀痛、牵拉感、排便感等，多数患者可以耐受。
肛肠镜检查的不适感主要来源于肠镜通过肛门和直肠时的机械刺激。普通肠镜检查时，肠镜在肠道内移动可能引起腹部胀痛或痉挛感，这种疼痛类似腹泻前的绞痛，持续时间较短。无痛肠镜在静脉麻醉下进行，患者处于睡眠状态，完全无感知。对于肛门狭窄或存在肛裂的患者，检查时可能出现较明显的疼痛，此时医生会调整操作手法或使用润滑剂减轻不适。部分敏感体质人群可能在注气扩张肠道时感到明显腹胀，但排气后可迅速缓解。
检查前3天建议保持清淡饮食，避免食用红色火龙果等影响观察的食物，检查前1天需按医嘱服用清肠药物。检查后可能出现短暂腹胀，可通过轻柔按摩腹部促进排气。24小时内避免剧烈运动，饮食应从流质逐渐过渡到正常。若出现持续腹痛、便血等情况应及时就医。保持规律作息和膳食纤维摄入有助于维持肠道健康，建议40岁以上人群定期进行肛肠镜检查。