膀胱镜检查通常会有轻微不适感，但多数患者可以耐受。检查过程中可能出现的疼痛程度与个体敏感性、操作技术及是否使用麻醉等因素有关。
膀胱镜检查时，医生会通过尿道插入一根细长的内窥镜进入膀胱。尿道黏膜对器械的刺激可能引起灼热感或尿意，这种不适在检查开始阶段较为明显。男性因尿道较长且存在生理弯曲，可能比女性感受到更明显的胀痛。采用局部麻醉凝胶可降低尿道敏感度，现代超细电子膀胱镜直径仅3-5毫米，能显著减少组织损伤带来的疼痛。
少数尿道狭窄或前列腺增生患者可能遭遇较强痛感，这类情况医生会提前评估并考虑静脉麻醉。检查后1-2天内排尿时的刺痛属于正常现象，若出现持续剧痛、血尿或发热需立即就医。检查前充分沟通、放松盆底肌肉能有效减轻不适，必要时可术前30分钟服用镇痛药物。
检查后建议多饮水促进排尿，每日饮水量保持2000毫升以上，有助于冲洗尿道减少感染风险。24小时内避免骑车、久坐等压迫会阴部的活动，饮食宜清淡少刺激，可适量食用西瓜、黄瓜等利尿食物。如出现轻微血尿无需紧张，通常1-2天自行消失，但血尿持续超过48小时或伴有发热需及时复查。术后两周内禁止盆浴、游泳等可能造成感染的行为，建议选择淋浴清洁。