女性梅毒晚期经过规范治疗可以控制病情发展，但已造成的器官损害通常不可逆。晚期梅毒主要指三期梅毒及神经梅毒、心血管梅毒等特殊类型，需通过青霉素类药物长期治疗。
晚期梅毒患者通过规范的驱梅治疗能够有效杀灭体内梅毒螺旋体，阻止疾病进一步进展。青霉素是首选药物，常用苄星青霉素注射液或普鲁卡因青霉素注射液进行周期性肌肉注射。对于青霉素过敏者，可选用多西环素片或红霉素肠溶片替代治疗。治疗过程中需定期复查血清学指标，评估治疗效果。
晚期梅毒造成的组织损伤如主动脉瘤、脊髓痨、树胶样肿等器质性病变难以完全修复。神经梅毒可能导致永久性痴呆、共济失调等神经系统后遗症。心血管梅毒引发的主动脉瓣关闭不全等结构性心脏病通常需要终身随访。这些不可逆损害会持续影响患者生活质量，需配合康复治疗缓解症状。
晚期梅毒患者在完成驱梅治疗后，应每3-6个月复查快速血浆反应素试验和梅毒螺旋体颗粒凝集试验，持续监测3年以上。日常生活中需保持规律作息，避免吸烟饮酒等加重血管损伤的行为。出现头痛、胸痛、运动障碍等症状时需及时复诊。性伴侣必须同步接受检测和治疗，治疗期间禁止无保护性行为。合并HIV感染者需加强免疫状态监测，必要时调整治疗方案。