螺旋藻的副作用主要包括胃肠不适、过敏反应、肝肾负担加重等，禁忌人群包括甲状腺疾病患者、自身免疫性疾病患者、孕妇及哺乳期妇女等。螺旋藻富含蛋白质、维生素和矿物质，但不当使用可能引发健康风险。
螺旋藻可能引起恶心、腹胀或腹泻等胃肠不适症状，尤其空腹服用时更易发生。部分人群可能出现皮肤瘙痒、皮疹等过敏反应，严重时可导致呼吸困难。长期过量摄入可能增加肝肾代谢负担，尤其肾功能不全者需谨慎。螺旋藻含有的苯丙氨酸成分对苯丙酮尿症患者存在风险。
甲状腺疾病患者应避免服用螺旋藻，因其碘含量可能干扰甲状腺功能。自身免疫性疾病患者使用可能加重病情，因螺旋藻具有免疫刺激作用。孕妇及哺乳期妇女缺乏安全性研究数据，建议避免使用。手术前两周应停用螺旋藻，可能影响凝血功能。痛风患者需注意螺旋藻的嘌呤含量可能诱发症状。
使用螺旋藻前建议咨询医生，特别是慢性病患者或正在服药者。初次服用应从少量开始，观察身体反应。选择正规厂家产品，避免重金属污染风险。不与抗凝血药物同时使用，可能增加出血风险。出现不适症状应立即停用并就医。日常饮食中保持多样化，不建议单一依赖螺旋藻补充营养。