病毒性扁桃体炎和细菌性扁桃体炎的治疗区别主要在于病因不同，病毒性以对症支持为主，细菌性需使用抗生素。病毒性扁桃体炎通常由鼻病毒、腺病毒等引起，细菌性扁桃体炎多由A组β溶血性链球菌感染导致。
病毒性扁桃体炎的治疗以缓解症状为主，可通过多饮水、温盐水漱口、使用对乙酰氨基酚片或布洛芬缓释胶囊退热镇痛。细菌性扁桃体炎需遵医嘱使用抗生素，如阿莫西林胶囊、头孢呋辛酯片等，疗程通常持续10天以彻底清除病原体。病毒性感染一般不使用抗生素，过度使用可能导致耐药性。细菌性感染若未规范治疗可能引发风湿热、急性肾小球肾炎等并发症。两种类型均需保证休息，但细菌性感染者需严格完成抗生素疗程。
无论病毒性或细菌性扁桃体炎，均建议保持口腔清洁，每日用温盐水漱口3-4次，避免辛辣刺激食物。发热期间选择流质或半流质饮食，如米汤、藕粉等。细菌性感染者用药期间观察是否出现皮疹、腹泻等不良反应，症状加重或持续3天无改善需复诊。恢复期适当补充维生素C，可通过食用猕猴桃、橙子等水果增强免疫力，但避免过酸食物刺激咽喉。儿童患者家长需注意监测体温变化，避免脱水。