先天性小下颌畸形手术可能存在后遗症，但多数患者术后规范护理可有效降低风险。手术矫正后可能出现暂时性神经损伤、咬合功能异常或瘢痕增生，但严重并发症概率较低。
术后早期常见下颌局部麻木或刺痛感，与术中神经牵拉有关，通常3-6个月可逐渐恢复。部分患者可能出现暂时性咀嚼无力或牙齿咬合不适，需配合正畸治疗调整。切口瘢痕增生多发生于瘢痕体质者，可通过激光治疗改善。极少数情况下可能发生骨愈合不良或感染，需二次手术干预。
术后应保持口腔清洁，使用儿童软毛牙刷清洁牙齿，避免辛辣刺激食物。睡眠时抬高床头有助于减轻肿胀，术后1个月内禁止剧烈运动。定期复查颌面部CT评估骨骼愈合情况，发现异常开口受限或持续疼痛应及时复诊。哺乳期婴幼儿术后需采用特殊喂养姿势，避免压迫手术区域。