白皮鸡蛋和红皮鸡蛋的营养价值基本相同，主要区别在于蛋壳颜色由母鸡品种决定，与营养成分无直接关联。鸡蛋的营养价值主要受母鸡饲料、饲养方式等因素影响。
白皮鸡蛋和红皮鸡蛋的蛋白质含量、脂肪含量、维生素和矿物质含量均无显著差异。蛋壳颜色主要由母鸡体内原卟啉色素沉积决定，与鸡蛋内部成分无关。两种鸡蛋均含有优质蛋白、卵磷脂、维生素A、维生素D、B族维生素以及铁、锌等矿物质，生物利用度相近。部分消费者认为红皮鸡蛋蛋黄颜色更深，可能与饲料中添加的玉米或胡萝卜素有关，但并非蛋壳颜色导致。
个别情况下，散养母鸡产的红皮鸡蛋可能因摄食更多昆虫或野菜而略微提高ω-3脂肪酸含量，但该差异与蛋壳颜色无必然联系。规模化养殖中，饲料配方的标准化会进一步缩小两类鸡蛋的营养差距。选购时更应关注鸡蛋的新鲜度，可通过观察蛋壳是否光滑、摇晃是否无声、透光检查气室大小等方法判断。
建议根据个人喜好选择鸡蛋颜色，注意膳食均衡搭配。鸡蛋每日摄入量以1-2个为宜，高胆固醇血症患者需遵医嘱控制。烹饪时尽量采用水煮、蒸蛋等方式，避免高温煎炸破坏营养。储存鸡蛋时应冷藏保存，钝端朝上可延长保鲜期。