菊花茶具有一定的抗病原体作用，主要与菊花中的黄酮类化合物、挥发油、绿原酸、多糖等活性成分有关。
1、黄酮类化合物
菊花富含木犀草素等黄酮类物质，能抑制细菌细胞壁合成，对金黄色葡萄球菌等革兰氏阳性菌有抑制作用。
2、挥发油成分
菊花挥发油中的樟脑、龙脑等成分具有广谱抗菌性，可破坏病原微生物的细胞膜结构。
3、绿原酸
绿原酸通过干扰病原体能量代谢发挥抑菌作用，对大肠杆菌等肠道致病菌效果较明显。
4、免疫调节
菊花多糖能激活巨噬细胞，增强机体非特异性免疫功能，间接提高抗感染能力。
菊花茶宜用80℃温水冲泡避免成分破坏，体质虚寒者不宜过量饮用，出现感染症状仍需及时就医。