低位肛瘘手术多数情况下属于常规操作，手术复杂程度主要与瘘管位置、深度、是否合并感染等因素有关。
1、瘘管位置
单纯皮下低位瘘管操作较简单，若靠近肛门括约肌则需精细分离，避免损伤控便功能。
2、感染程度
急性化脓期需先引流控制感染，二期手术会增加操作步骤；慢性炎症期可直接行瘘管切除术。
3、分支情况
单一直管型处理简便，多分支瘘管需彻底探查所有窦道，手术时间相应延长。
4、既往治疗
反复发作或曾行不当切开者可能形成瘢痕组织，增加解剖难度。
术后需保持肛门清洁，避免久坐久站，遵医嘱进行坐浴和换药，定期复查评估愈合情况。