生殖器疱疹潜伏期一般为2-12天，实际时间受到病毒载量、免疫状态、感染部位、首次感染或复发等多种因素的影响。
1、病毒载量
接触病毒数量较多时潜伏期可能缩短，病毒通过皮肤黏膜破损处侵入神经节形成潜伏感染。
2、免疫状态
免疫功能低下者潜伏期可能缩短，HIV感染者或长期使用免疫抑制剂人群症状出现更早。
3、感染部位
会阴部皮肤较薄处感染潜伏期较短，阴茎冠状沟等角质层较厚区域潜伏期相对延长。
4、感染类型
初次感染潜伏期较长约3-14天，复发感染因体内存在抗体，潜伏期通常缩短至2-5天。
潜伏期虽无临床症状但仍具传染性，出现水疱溃疡等症状时应避免性接触，及时至皮肤性病科就诊。
