肠虫清可能存在副作用，常见不良反应包括头晕、恶心、腹痛、皮疹等，通常症状轻微且可自行缓解。
部分患者服药后出现恶心、呕吐或腹部不适，可能与药物刺激胃肠黏膜有关，可遵医嘱使用蒙脱石散、铝碳酸镁片、双歧杆菌三联活菌胶囊等缓解症状。
少数人会出现头晕头痛，与药物通过血脑屏障影响中枢神经有关，必要时可选用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片、天麻素胶囊等对症处理。
皮疹或皮肤瘙痒属于偶发过敏表现，需立即停药并遵医嘱使用氯雷他定片、盐酸西替利嗪胶囊、地塞米松磷酸钠注射液等抗过敏治疗。
长期大剂量使用可能引起转氨酶升高，需定期监测肝功能，必要时联用复方甘草酸苷片、水飞蓟宾胶囊、谷胱甘肽片等保肝药物。
服药期间避免油腻饮食，出现严重过敏或持续不适应及时就医，儿童及肝肾功能不全者需在医生指导下调整剂量。
