多数情况下畸胎瘤不会自行消失，但体积较小的成熟性畸胎瘤可能长期稳定无需干预。畸胎瘤的处理方式主要有定期观察、药物治疗、手术切除、介入治疗。
1、定期观察直径小于5厘米的无症状成熟性畸胎瘤可每6-12个月复查超声，监测肿瘤大小及成分变化。
2、药物治疗未成熟畸胎瘤需采用化疗药物如顺铂、依托泊苷、博来霉素，可能与胚胎残留组织异常增殖有关，常伴随腹痛或激素异常。
3、手术切除肿瘤增大超过5厘米或出现扭转破裂时需腹腔镜手术，可能与原始生殖细胞分化异常有关，可能引起急腹症或压迫症状。
4、介入治疗特定情况下可采用超声引导下硬化剂注射，适用于高风险手术患者的小型囊性畸胎瘤。
发现畸胎瘤后应避免剧烈运动以防扭转，每年妇科检查联合肿瘤标志物检测有助于监测病情变化。
