儿童肠镜检查可能出现的副作用包括腹胀腹痛、黏膜损伤、麻醉风险和肠道穿孔，多数为轻微短暂反应，严重并发症概率较低。
检查中注气可能导致暂时性腹部不适，通常2-3小时自行缓解，家长可帮助孩子保持俯卧位促进排气。
器械摩擦可能造成肠道黏膜轻微擦伤，表现为少量便血，家长需观察孩子排便情况，出现持续出血需就医。
全身麻醉可能引发恶心呕吐或过敏反应，家长需术前如实告知医生孩子过敏史，术后6小时内禁食防误吸。
极少数情况下可能发生肠壁撕裂，表现为剧烈腹痛和发热，需立即手术处理，但儿童发生率不足千分之一。
检查前家长应配合医生完成凝血功能等评估，术后24小时内给予流质饮食，避免剧烈运动，出现持续哭闹或血便需急诊就医。
