小儿惊风散在医生指导下合理使用通常安全性较高，但部分患儿可能出现胃肠不适、过敏反应等副作用，家长需严格遵医嘱用药。
药物中的朱砂等成分可能刺激胃肠黏膜，建议家长观察宝宝是否出现呕吐、腹泻，可配合蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌散、口服补液盐缓解症状。
部分患儿对全蝎、僵蚕等动物蛋白成分敏感，家长需注意皮疹或呼吸困难等症状，必要时使用氯雷他定糖浆、地塞米松注射液、肾上腺素注射液干预。
长期过量服用含重金属成分的中成药可能造成肝肾负担，家长应定期检测肝肾功能，避免联合使用对乙酰氨基酚滴剂等经肝代谢药物。
镇静成分过量可能导致嗜睡或呼吸抑制，家长发现异常应立即停用，并及时就医处理，临床可能需使用纳洛酮注射液拮抗。
家长应记录用药反应，避免与钙剂、铁剂同服，服药期间保持饮食清淡，若出现持续哭闹或精神萎靡需立即就医。
