甲硫咪唑的副作用主要包括皮疹、关节痛、粒细胞减少、肝功能异常等，多数患者耐受性良好，严重不良反应发生率较低。
1、皮疹约5％患者可能出现皮肤瘙痒或红斑，轻度皮疹可联用抗组胺药如氯雷他定，严重皮疹需停药并更换丙硫氧嘧啶。
2、关节痛10％-15％患者服药后出现关节肿胀疼痛，通常服用非甾体抗炎药如布洛芬可缓解，持续不缓解需检测抗核抗体排除药物性狼疮。
3、粒细胞减少发生率约0.3％-0.6％，表现为发热咽痛，需立即停药并使用重组人粒细胞集落刺激因子，必要时预防性应用抗生素。
4、肝功能异常5％-10％患者出现转氨酶升高，轻度异常可联用护肝药如谷胱甘肽，重度肝损伤需永久停药并改用放射性碘治疗。
用药期间建议每月监测血常规和肝功能，避免高碘饮食，出现发热咽痛或黄疸等症状需立即就医。
