青番茄通常不能食用，因其含有较高浓度的龙葵碱等有毒生物碱。未成熟的青番茄可能引发恶心、呕吐、腹痛等中毒反应，成熟变红后毒素含量显著降低方可安全食用。
青番茄的毒性主要源于其天然防御机制。番茄植株在未成熟阶段合成龙葵碱以防止动物啃食，这种物质属于糖苷生物碱家族，可干扰人体神经系统功能。摄入50-100毫克即可能出现口腔灼烧感、胃肠痉挛等症状，严重时导致呼吸困难。成熟过程中，番茄会逐渐降解龙葵碱，同时积累番茄红素和糖分，表皮颜色由绿转红即为此过程的直观标志。家庭储存时若发现部分青斑，可置于室温通风处等待后熟，但完全青绿的果实建议丢弃。
特殊情况下青番茄经专业加工后可降低风险。某些地区传统做法会用盐水浸泡或高温油炸处理青番茄，这些方法能部分破坏毒素结构。但家庭烹饪难以精确控制条件，残留风险仍存在。商业罐头食品采用的121摄氏度以上高温灭菌工艺可确保安全性，但自制腌渍品仍可能出现毒素渗透不均现象。孕妇、儿童及消化功能较弱人群应完全避免接触青番茄制品。
日常选购番茄时应注意果实完整度与色泽均匀度，避免表皮有机械损伤或霉斑的个体。储存时可将未完全成熟的番茄与苹果、香蕉等乙烯释放型水果放置于纸袋中加速后熟。若误食青番茄后出现头晕、腹泻等症状，应立即饮用大量温水催吐，并携带剩余样本就医检测。烹饪番茄时建议彻底加热，高温能进一步降低潜在生物碱活性。
