止嗽化痰颗粒在医生指导下合理服用通常安全性较高，但不当使用可能引发胃肠不适、过敏反应、药物依赖及肝肾功能异常等危害。
部分患者服药后可能出现恶心、腹胀或腹泻，与药物中寒凉成分刺激胃肠黏膜有关。建议饭后服用以减轻刺激，症状持续需停药就医。
对药物成分过敏者可出现皮疹、瘙痒甚至呼吸困难。用药前应确认过敏史，发生过敏反应立即停药并抗过敏治疗。
长期超量使用含镇咳成分的化痰颗粒可能导致依赖性。咳嗽症状缓解后应及时停药，避免自行延长疗程。
肝功能异常或肾病患者长期服用可能加重代谢负担。慢性病患者用药需监测肝肾功能，必要时调整剂量。
服用止嗽化痰颗粒期间应避免辛辣刺激饮食，若咳嗽超过一周未缓解或出现高热、胸痛等症状须及时就诊。
