甲硝唑可以治疗部分妇科炎症，主要适用于细菌性阴道炎、滴虫性阴道炎等厌氧菌或原虫感染引起的炎症，但对真菌性阴道炎无效。
甲硝唑是细菌性阴道炎的首选药物，可抑制厌氧菌过度繁殖。患者可能出现灰白色分泌物伴鱼腥味，可选用甲硝唑片、甲硝唑栓剂或甲硝唑凝胶。
甲硝唑能杀灭阴道毛滴虫，需伴侣同步治疗。典型症状为黄绿色泡沫状分泌物，常用甲硝唑口服片、阴道泡腾片或替硝唑片。
盆腔炎合并厌氧菌感染时可联用甲硝唑，常与头孢类抗生素配合使用。可能出现下腹痛、发热，需静脉注射甲硝唑氯化钠注射液。
妇科手术后预防厌氧菌感染可使用甲硝唑，如子宫切除术后的预防性用药，多采用甲硝唑注射液短期治疗。
使用甲硝唑期间禁止饮酒，孕妇及哺乳期女性用药需严格遵医嘱，真菌性阴道炎患者应选择克霉唑等抗真菌药物。
